Ağrı İbrahim Çeçen Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü olarak lisansüstü programlarımız hem üniversitelerimiz için akademisyen hem de kamu ve özel sektör kuruluşlarının ihtiyacı olan nitelikli ve donanımlı bireyler yetiştirmeyi amaçlamaktayız. Üniversite olarak hedefimiz her geçen gün değişen ve gelişen dünyamızda, bilginin güç olduğuna inanan, manevi değerlerine bağlı, evrensel düşünebilen ve etik anlayıştan taviz vermeden çağdaş bilimsel bilgiye ulaşan bir eğitim kurumu olmaktır. Sağlık Bilimleri Enstitümüz merkez kampüs içerisinde teknolojik ve fiziksel alt yapılarla donatılmış modern binasında, eğitim-öğretim standartları açısından ulusal ve uluslararası düzeydeki eğitim kurumlarının uygulamalarını takip ederek, hizmet kalitesinin ve sistemini sürekli iyileştirerek etkin bir kurum haline gelme çabasını sürdürmektedir.
Enstitümüz hâlihazırda müstakil lisansüstü programlarla faaliyetlerini sürdürmektedir. Bu kapsamda 31/05/2017 Beden Eğitimi ve Spor Eğitimi Anabilim Dalı Sağlık Bilimleri Enstitüsüne aktarımı yapılmış olup diğer Anabilim Dallarının açılması için çalışmalar sümektedir.
Enstitümüz seçkin kadrosuyla eğitim-öğretime devam etmekte ve hâlihazırda Enstitümüz yüksek lisans programlarına kayıtlı 15 öğrenci bulunmaktadır. Enstitümüz bir müdür, müdür yardımcısı, Enstitü Kurulu, Yönetim Kurulu, Enstitü Sekreteri ve 2 personel ile çalışmalarını sürdürmektedir.